Die U.S.S. Enterprise befindet sich in der Mitte ihrer 5-Jahres-Mission. Dies macht sich auch in der Psyche der Crew bemerkbar. Kirk (Chris Pine) stellt fest, dass er mittlerweile älter ist, als es sein Vater je wurde und entwickelt sich zu einem Kirk, der an sich zweifelt, seine Entscheidungen hinterfragt und über einen Ausstieg als Captain nachdenkt. Auch Spock (Zachary Quinto) plant seinen Abschied aus der Flotte, nachdem Botschafter Spock (Leonard Nimoy) verstorben ist. Bevor beide ihre Entscheidungen endgültig machen können, gehen sie zunächst einem Notruf eines abgelegenen Planeten nach, der die Enterprise in eine tödliche Falle lockt und die Crew voneinander trennt. Plötzlich befindet sich Kirk und Co. in einem gnadenlosen Wettlauf mit dem Schurken Krall, der versucht alle Lebewesen der Raumstation Yorktown auszulöschen. Neben der Action während der Verfolgung kommt der Humor dank Simon Pegg wieder einmal nicht zu kurz und auch Pille (Karl Urban) und Spock harmonieren auf humoristische Art miteinander und lassen den Zuschauer nicht nur einmal schmunzeln.

Justin Lin (Fast and Furious-Reihe) hat die Herausforderung des „Star Trek“-Erbes von J.J. Abrams angenommen und mit „Star Trek Beyond“ einige Akzente gesetzt – zum gewohnt groß kalibrigen und staunenswerten Action-Bombast gesellen sich ein Hauch Nostalgie und etwas mehr launiger Humor.