Die U.S.S. Enterprise befindet sich in der Mitte ihrer 5-Jahres-Mission. Dies macht sich auch in der Psyche der Crew bemerkbar. Kirk (Chris Pine) stellt fest, dass er mittlerweile älter ist, als es sein Vater je wurde und entwickelt sich zu einem Kirk, der an sich zweifelt, seine Entscheidungen hinterfragt und über einen Ausstieg als Captain …